منابع (References) هر مقاله یا اثر علمی از مهمترین اجزای تشکیل‌دهنده آن هستند. تهیه فهرست منابع استاندارد با توجه به جزئیات بسیاری که دارد معمولا کاری زمان‌بر است. ذکر صحیح و دقیق منابع هر مقاله، ‌وجود یک شیوه یکسان در تمامی مقالات یک مجله، نشان‌دهنده اعتبار علمی مجله و نویسندگان مقاله می‌باشد. در مجموعه بیان هزاره سوم با به‌کارگیری نرم‌افزار EndNote، صحت منابع مقالات بررسی شده و به فرمت از پیش تعیین شده مجله، بازنویسی می‌شود. این امر نه تنها دسترسی سریع به اصل سند مورد نظر را مهیا می سازد بلکه نشان دهنده اعتبار علمی مجله و نویسندگان است. انتشارات بیان هزاره سوم با بهره گیری از شیوه های مناسب بررسی صحت استنادی سعی در بهبود ارتقا کیفیت مقالات و به دنبال آن مجلات را دارد تا گامی در جهت نمایه سازی مجلات در پایگاه معتبر داخلی و خارجی برداشته باشد.